Οι κύριες μεθοδολογικές προσεγγίσεις του προγράμματος ERA-BEACH περιλαμβάνουν: (α) εκτίμηση της παραλιακής διάβρωσης σε επίπεδο νήσου υπό την μακροπρόθεσμη και βραχυπρόθεσμη άνοδο της θαλ. στάθμης σε επίπεδο νήσου· (β) εκτίμηση της τωρινής και μελλοντικής διάβρωσης στις επιλεγμένες (πιλοτικές) παραλίες, βασισμένη στη λεπτομερή συλλογή (state-of-the-art) δεδομένων πεδίου και στην ανάπτυξη/εφαρμογή μορφοδυναμικών (2-D) αριθμητικών μοντέλων· και (γ) σχεδιασμό/έλεγχο αποτελεσματικών τεχνικών μέτρων παράκτιας προστασίας, που είναι κατάλληλα από άποψη κόστους.
Επιπιπρόσθετα ακολουθήθηκαν οι εξής συμπληρωματικές προσεγγίσεις: μελέτη των τάσεων παραλιακής διάβρωσης μέσα από διαθέσιμες ιστορικές πληροφορίες αρχείου (οπτικά δεδομένα αεροφωτογραφιών και δορυφορικών εικόνων)· εγκατάσταση ενός οπτικού συστήματος παρακολούθησης της παραλιακής μορφοδυναμικής με υψηλή χωρο-χρονική κάλυψη (στην πιλοτική παραλία Καμάρι)· η ανάπτυξη και εφαρμογή μιας καινοτόμου προσέγγισης για την εκτίμηση της ποτάμιας ιζηματοδυναμικής (στην πιλοτική παραλία της Ερεσού) · ανάπτυξη/έλεγχος κατάλληλης μεθοδολογίας για την αξιολόγηση της παραλιακής τουριστικής «ελκυστικότητας» υπό τις παρούσες και μελλοντικά αναμενόμενες κλιματικές συνθήκες, που βασίζεται στην ανάπτυξη στοχευμένων ερωτηματολογίων και την εφαρμογή βιο-κλιματικών δεικτών (στην πιλοτική παραλία Καμάρι)· αναλύσεις οφελους-κόστους των προτεινόμενων τεχνικών παρεμβάσεων· και ανάλυση του νομοθετικού πλαισίου που σχετίζεται με το σχεδιασμό, κατασκευή και παρακολούθηση των τεχνικών παρεμβάσεων αναστροφής της παραλιακής διάβρωσης (σε διεθνές, ευρωπαϊκό και εθνικό επίπεδο).
Η γενικευμένη μεθοδολογία που αναπτύχθηκε και ακολουθήθηκε στα πλαίσια του ERA-BEACH απεικονίζεται σχηματικά στο ακόλουθο διάγραμμα ροής.
